Nel Trecento la villa era di proprietà del Buoninsegni nel Cinquecento di maestro Luca e in seguito per più di tre secoli, fino al terzo decennio dell'ottocento, divenne casino di caccia di un ramo della famiglia Strozzi dal quale prese il nome "lo Strozzino". Gli Strozzi l'abbellirono con un ampio giardino, ma l'aspetto attuale si deve a Giuseppe Fabbricotti, che la acquistò nel 1864 e lo stesso anno incaricò gli architetti Vincenzo Micheli e Antonio Cipolla di trasformare l'antico casino di caccia in una lussuosa residenza.
Oggi la villa ed il suo parco sono diventati un punto di riferimento per gli abitanti del quartiere: dai bambini che vanno a giocarci, a chi porta fuori il cane per una passeggiata, agli anziani che si ritrovano nel pomeriggio per godere di un po di tranquillità.
Atraverso un bando la Regione Toscana ha dichiarato l'intenzione di mettere all'asta gli immobili di sua proprietà in stato di degrado, stilando un elenco nel quale è compresa anche Villa Fabbricotti.
Gli abitanti del quartiere 5 si oppongono a questa decisione e dopo aver costituito il comitato "Villa Fabricotti" hanno spiegato che la villa non è in stato di degrado, vista la presenza di un eccellente servizio di manutenzione sia per il parco che per la struttura che, inoltre, è sotto la tutela dei beni culturali e già da tempo sede di alcuni uffici regionali. Oltre a questo i rappresentanti del comitato hanno sottolineato l'importanza culturale e ambientale dell'edificio diventato oramai punto di riferimento e unico vero polmone verde della zona.